עמותת ידידי מגלן (ע”ר), עמותת הבוגרים של יחידת הקומנדו מגלן, נוסדה בכ”ד בחשוון תשס”ז (נובמבר 2006) ומשמשת מאז בית חם לבוגריה – לוחמים ותומכי לחימה בסדיר, בקבע, במילואים ובפרישה. העמותה שמה לה למטרה להקים ולטפח קהילת חברים מגובשת, פעילה ותומכת, המעניקה לחבריה את הכלים להשתלב, להוביל ולתרום לחברה הישראלית, תוך שמירה על ערכי הליבה והמורשת של יחידת מגלן. בנוסף, העמותה פועלת לתמיכה בבוגרי היחידה ובבני משפחותיהם, הן בשגרה והן בצמתים משמעותיים בחייהם.
פעילויות העמותה מתמקדות בשבעה וקטורים עיקריים: שיפור המוביליות החברתית של בני נוער בפריפריה באמצעות עידוד לשירות משמעותי בצה״ל, עיבוד חוויות וחוסן, שת״פ עם היחידה הסדירה, קידום בוגרים, מערך ליווי פצועים, מערך משפחות שכולות, הנצחה ומורשת.
העמותה פועלת לקידום מטרותיה באמצעות מאות מתנדבים, סטודנטים ואנשי מקצוע ממגוון תחומים.
כמו כן, פועלת בשיתופי פעולה עם חברות מובילות, ארגונים ועמותות מישראל ומחו”ל, המספקים ידע, משאבים ורעיונות חדשניים. העמותה מקיימת שותפויות אסטרטגיות עם הצבא, מפעל הפיס ורשויות מקומיות, במטרה לקדם מוביליות חברתית בקרב בני נוער מהפריפריה.