עמותת ידידי מגלן (ע”ר), עמותת הבוגרים של יחידת הקומנדו מגלן, נוסדה בכ”ד בחשוון תשס”ז (נובמבר 2006) ומשמשת מאז בית חם לבוגריה – לוחמים ותומכי לחימה בסדיר, בקבע, במילואים ובפרישה. העמותה שמה לה למטרה להקים ולטפח קהילת חברים מגובשת, פעילה ותומכת, המעניקה לחבריה את הכלים להשתלב, להוביל ולתרום לחברה הישראלית, תוך שמירה על ערכי הליבה והמורשת של יחידת מגלן. בנוסף, העמותה פועלת לתמיכה בבוגרי היחידה ובבני משפחותיהם, הן בשגרה והן בצמתים משמעותיים בחייהם.