יחידת מגלן הוקמה בשנת 1986 כחוד החנית של זרוע היבשה.
היחידה מתמחה בביצוע פעילות מבצעית חשאית בכלל גזרות הלחימה ומטעמי בטחון שדה לא נוכל לספר עליה.
יחידת מגלן היא משפחה, משפחה של לוחמים שמאמינה בעבודה קשה, בערכי מוסר גבוהים, אמינות, מקצועיות, ובעיקר בולטת באיכות האנשים שבה. 

מסלול הלוחם במגלן

מסלול הלוחם במגלן מתחיל כמו כל לוחם בצה"ל בטירונות ובאימון מתקדם המתבצעים בבא"ח 35 הממוקם בשומריה. בשלב זה לומד החייל הצעיר כיצד להיות לוחם – לומד לירות בנשקו, לבצע תרגילים באש, אימונים להעלאת הכושר הקרבי, מסעות ותכנים מקצועיים. בסוף השלב מבצעים חיילי מגלן קורס צניחה בסופו זוכים הם לענוד את כנפי הצניחה.
בתום פרק ההכשרה הראשוני עולים החיילים ליחידה במסע כומתה ארוך ומפרך בסיומו מקבל החייל את הכומתה האדומה.
מכאן מתחילה הכשרת החייל כלוחם מגלן – הוא מבצע סדרות אימון העוסקות בשלל תחומים המכשירים אותו ללוחמה מבצעית.
לאחר שלב זה יוצאים החיילים לקורס מכי"ם ייעודיות בו מתורגלים החיילים בפיקוד על חיילים. משך קורס זה כחודשיים והוא מתבצע בבית ספר למכי"ם.
חלקו האחרון של המסלול עוסק בתכנים ייעודים על פי תחומי העיסוק של הצוות, שלב זה מאפיין בפעילות אינטנסיבית המרכזת את מירב התחומים אותם למד החייל במהלך שירותו עד כה, ובנוסף הייעוד הספציפי של הצוות.
בסופו של השלב יבצעו החיילים אימון מסכם מסלול, משבסופו יקבלו כולם את סיכת הלוחם בטקס מרגש. מכאן והלאה מתחילה דרכו של הלוחם ומתחיל המבחן האמיתי שלו – הפעילות המבצעית.